macosxhints で、iPhone '09 のライブラリパッケージに含まれる SQLite データベース(face_blob.db、face.db、iPhotoAux.db、iPhotoMain.db)をバキュームしてスピードアップする方法が紹介されています。
ターミナルから
cd "~/Pictures/iPhoto Library" for dbase in *.db; do sqlite3 $dbase "vacuum;"; done
と実行する。
まだ、iPhoto '09 に移行出来ていないので、試すことは出来ていませんが、コメント欄では、かなり高速になったと書かれています。
今後、バキューム用の GUI ツールが出てきそうな気はしますね。